研發替代役役男之待遇及權益如下:
第一階段:基礎及專業訓練,所有役男均依服役天數比例領取二等兵之薪俸〔每月新臺幣(以下同)6,510元〕。
第二階段:服役期間之薪俸待遇,役男為碩士學位等級者比照義務役預備士官薪俸(1萬1,830元)、博士學位等級者比照義務役預備軍官薪俸(1萬7,250元),各加計主副食費(4,645)、住宿津貼(7,000元)、交通津貼(1,260元),由政府基金支給(碩士為24,735元,博士為30,155元) 。該階段役男勞動條件不得低於勞動基準法所定之最低標準。保險權益由內政部(役政署)辦理參與全民健保、替代役役男一般保險、團體意外保險及國民年金保險。
第三階段:役男與用人單位間具僱傭關係,有關勞動條件(如薪俸、退休金之提繳等)及保險事項,依勞動基準法、勞工退休金條例及勞工保險條例規定辦理,所需費用由用人單位負擔並採計用人單位工作年資。
註:第一、二階段研發替代役役男薪額、專業加給、地域加給、年終獎金(管理加給除外)及交通津貼,均需按所得稅法規定課稅;管理加給、主副食費、住宿津貼及年終獎金中管理加給部分,依所得稅法規定免納所得稅。